為使南水北調東線輸水工程不被污染，國家計委、水利部、國家環保總局、建設部及沿線四省一市地方政府共同編制的南水北調東線治污規劃基本完成，規模宏大的南水北調東線治污工程即將啟動。

　　南水北調工程規劃有東、中、西三條調水線路，東線工程由江蘇省揚州市三江營附近的長江干流引水，向天津、膠東半島等北方地區供水。東線工程可以利用現有水利工程和天然河道，工程難度較小，但卻面臨沿途水質污染的難題。據調查，南水北調東線規劃范圍內全線每年廢水排放量為30億噸，其中21.71億噸排入河道，目前，東線調水水源地長江三江營斷面全年水質很好，基本上達到二類水標準，但山東、河南境內河湖水質多為四類、五類水，天津、河北境內沿線水質全部為超五類水。南水北調，首在治污。

　　水利部淮河流域水資源保護局副局長程緒水： 主要措施是：一個是對工業污染源進行關停，沿線的城鎮要建一大批污水處理廠，同時，還要通過一些截污工程將排入輸水線的污水截走，這樣實現整個調水沿線的清水廊道工程，保證長江水能夠比較好地送到北方。

　　為確保輸水干線水質達到三類，東線治污工程2010年前總投資接近26億元。結合黃河以北輸水干線水質污染嚴重的現狀，將建界污導流工程33項，保證清污分流，形成清水廊道，確保所有污染物不再進入輸水河道。同時全線將建設城鎮污水處理廠135座。多工業污染源結構進行調整，并停轉工業企業38家，對150家企業實施污水回用，并對沿線綜合生態建設進行全面整治。

　　水利部淮河流域水資源保護局副局長程緒水：沿線的江蘇、山東、河南、河北、天津對“南水北調”工程都比較重視，尤其是山東省，在治污這一塊力度很大。山東省政府已經發出通知，要求沿線的二萬噸以下的造紙廠全部關停，保證調水水質滿足要求。

　　到2005年，東線治污一期工程主體部分完工后。輸水干線全線水質達到三類，輸水過黃河后，經過500公里輸水河道自凈，達到天津的水質可以確保三類水，有望達到二類水。